MirGeneDB ID | Cpo-Mir-8-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-8-P1a Cpo-Mir-8-P1b Cpo-Mir-8-P2a Cpo-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2b Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2b Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2b Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lgi-Mir-8 Mdo-Mir-8-P2b Mml-Mir-8-P2b Mmu-Mir-8-P2b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2b Ovu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2b Sha-Mir-8-P2b Sko-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_107: 310108-310172 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2b) |
Mir-8-P2b
scaffold_107: 310108-310172 [-]
UCSC
Mir-8-P1b scaffold_107: 310458-310518 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGGACUCCAUGUUGGCUGGCUCUGGGUCCAUCUUCCAGCACAGUGUUGGUUGGUCUAAUUGUGAAGCUCCUAACACUGUCUGGUAAAGAUGGCCCCCGGGUCGGCUUCCUCGGCAGUGACCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGGACUCCAUGUUGG-- U U --| C UUGGUCUAA CUGGCUC GGG CCAUCUU CCAG ACAGUGUUGG U GGCUGGG CCC GGUAGAA GGUC UGUCACAAUC U CUCCAGUGACGGCUCCUUC C C AU^ - CUCGAAGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-8-P2b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUCCAGCACAGUGUUGGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-8-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAACACUGUCUGGUAAAGAUGGC -65
Get sequence
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