| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-8-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-200c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-8-P1a Ocu-Mir-8-P2a Ocu-Mir-8-P2b Ocu-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aga-Mir-8 Agr-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bge-Mir-8 Bko-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1b Cin-Mir-8-P1 Cja-Mir-8-P1b Cpo-Mir-8-P1b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dgr-Mir-8 Dlo-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Eba-Mir-8 Eca-Mir-8-P1b Egr-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1b Gpa-Mir-8 Gsa-Mir-8 Hme-Mir-8 Hru-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1b Isc-Mir-8 Laf-Mir-8-P1b Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1b Lgi-Mir-8 Lhy-Mir-8 Llo-Mir-8 Mdo-Mir-8-P1b Mgi-Mir-8 Mml-Mir-8-P1b Mmr-Mir-8-P1b Mmu-Mir-8-P1b Mom-Mir-8 Neu-Mir-8-P1b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1b Obi-Mir-8 Ofu-Mir-8 Ovu-Mir-8 Pab-Mir-8-P1b Pau-Mir-8 Pca-Mir-8 Pdu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Pve-Mir-8 Rno-Mir-8-P1b Rph-Mir-8 Sha-Mir-8-P1b Sko-Mir-8 Sma-Mir-8 Snu-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 Tur-Mir-8 War-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr8: 32966987-32967049 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1b) |
Mir-8-P1b
chr8: 32966987-32967049 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2b chr8: 32967353-32967417 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAGGUGGCCAGGGUGGGUGGGGGCCCUCGUCUUACCCAGCAGUGUUUGGGUGCUGGUUGGGAGUCUCUAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGAGGCCCCUGUCCCCAUGUCAGCGGCAUCCAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGAGGUGGCCAGGGU-- UG CU -| A U GUGCUGG GGG GGGGCC CGUC UUACCC GCAGUGUU GG U CCU CCCCGG GUAG AAUGGG CGUCAUAA CU U AACCUACGGCGACUGUACC GU AG U^ C U CUGAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-8-P1b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-8-P1b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA -63
Get sequence
|
