| MirGeneDB ID | Laf-Mir-8-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-8-P1a Laf-Mir-8-P2a Laf-Mir-8-P2b Laf-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aga-Mir-8 Agr-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bge-Mir-8 Bko-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1b Cin-Mir-8-P1 Cja-Mir-8-P1b Cpo-Mir-8-P1b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dgr-Mir-8 Dlo-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Eba-Mir-8 Eca-Mir-8-P1b Egr-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1b Gpa-Mir-8 Gsa-Mir-8 Hme-Mir-8 Hru-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1b Lgi-Mir-8 Lhy-Mir-8 Llo-Mir-8 Mdo-Mir-8-P1b Mgi-Mir-8 Mml-Mir-8-P1b Mmr-Mir-8-P1b Mmu-Mir-8-P1b Mom-Mir-8 Neu-Mir-8-P1b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1b Ofu-Mir-8 Ovu-Mir-8 Pab-Mir-8-P1b Pau-Mir-8 Pca-Mir-8 Pdu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Pve-Mir-8 Rno-Mir-8-P1b Rph-Mir-8 Sha-Mir-8-P1b Sko-Mir-8 Sma-Mir-8 Snu-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 Tur-Mir-8 War-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010042.1: 51809139-51809201 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1b) |
Mir-8-P1b
GL010042.1: 51809139-51809201 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2b GL010042.1: 51809551-51809615 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGAGGUGGGUAGGCUGAGUGGGGGACCCCGUCUUACCCAGCAGUGUUUGGGUGCUGGAUGGGAGUCUCUAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGAGGCCCCUGUCUCCAUGUCAGCGGUAUCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGGAGGUGGGUAGGCU- - A - -| A U GUGCUGG GAG UGGGGG CC CCGUC UUACCC GCAGUGUU GG A CUC GUCCCC GG GGUAG AAUGGG CGUCAUAA CU U CCACUAUGGCGACUGUAC U - A U^ C U CUGAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-8-P1b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCUUACCCAGCAGUGUUUGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-8-P1b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA -63
Get sequence
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