| MirGeneDB ID | Mun-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Microcaecilia (Microcaecilia unicolor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mun-Mir-146-P1 Mun-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-146-P2 Ami-Mir-146-P2 Cli-Mir-146-P2 Cmi-Mir-146-P2 Cpi-Mir-146-P2 Ebu-Mir-146 Gga-Mir-146-P2 Gja-Mir-146-P2 Lch-Mir-146-P2 Pbv-Mir-146-P2 Pma-Mir-146 Spt-Mir-146-P2 Sto-Mir-146-P2 Tgu-Mir-146-P2 Xla-Mir-146-P2a Xla-Mir-146-P2b Xtr-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_901765095.2_aMicUni1.2) |
LR594633.1: 465518696-465518760 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-146-P2-v1) |
Mir-146-P2-v1
LR594633.1: 465518696-465518760 [+]
Mir-146-P2-v2 LR594633.1: 465518696-465518760 [+] |
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| Variant | Mun-Mir-146-P2-v1 |
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| Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUGAUGAUUUUCUGGCAGUUCCCAGCUGUGAGAACUGAAUUCCAUGAACUGGUUCCAGCUUUUUGUCUUCAGUCCAUGGUAGUCAGUUCUCUAGCUUGGCUGUCUCUAUCUUCACAACUAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUGAUGAUUUUCUGG----| UU C U AUU A GUUCCAGC CAG CC AGCUG GAGAACUGA CCAUG ACUG U GUC GG UCGAU CUCUUGACU GGUAC UGAC U CCGAUCAACACUUCUAUCUCU^ -- U - GAU C UUCUGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mun-Mir-146-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUGAACUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Mun-Mir-146-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- GUCCAUGGUAGUCAGUUCUCUA -65
Get sequence
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| Variant | Mun-Mir-146-P2-v2 |
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| Seed | CCAUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUGAUGAUUUUCUGGCAGUUCCCAGCUGUGAGAACUGAAUUCCAUGAACUGGUUCCAGCUUUUUGUCUUCAGUCCAUGGUAGUCAGUUCUCUAGCUUGGCUGUCUCUAUCUUCACAACUAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUGAUGAUUUUCUGG----| UU C U AUU A GGUUCCAGC CAG CC AGCUG GAGAACUGA CCAUG ACU U GUC GG UCGAU CUCUUGACU GGUAC UGA U CCGAUCAACACUUCUAUCUCU^ -- U - GAU C CUUCUGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mun-Mir-146-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUGAACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mun-Mir-146-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCCAUGGUAGUCAGUUCUCUA -65
Get sequence
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