MirGeneDB ID | Gja-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-146-P2 Ami-Mir-146-P2 Cli-Mir-146-P2 Cmi-Mir-146-P2 Cpi-Mir-146-P2 Ebu-Mir-146 Gga-Mir-146-P2 Lch-Mir-146-P2 Mun-Mir-146-P2-v1 Mun-Mir-146-P2-v2 Pbv-Mir-146-P2 Pma-Mir-146 Spt-Mir-146-P2 Sto-Mir-146-P2 Tgu-Mir-146-P2 Xla-Mir-146-P2a Xla-Mir-146-P2b Xtr-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015169717.1: 680-745 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACGUGCAGAACGCUGGCAGUUCCAAGCUCUGAGAACUGGUUUUCAUAGACUGGUUCCAGUUCUGUAAGCUCAGUCCGUGAUACUCAGUUCUCUAGCUUGACUGUAUCUGACUUCAUAACUUAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GACGUGCAGAACGCUGG-----| UC CU - UU UA GUUCCAGU CAGU CAAGCU GAGAACUG GU UCA GACUG U GUCA GUUCGA CUCUUGAC CA AGU CUGAC C AGGAUUCAAUACUUCAGUCUAU^ -- U- U U- GC UCGAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-146-P2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGGUUUUCAUAGACUG -23
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-146-P2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- GUCCGUGAUACUCAGUUCUCUAG -66
Get sequence
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