MirGeneDB ID | Mal-Mir-21-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-21 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mal-Mir-21-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-21 Ami-Mir-21 Bta-Mir-21 Cfa-Mir-21 Cja-Mir-21 Cli-Mir-21 Cmi-Mir-21 Cpi-Mir-21 Cpo-Mir-21 Dno-Mir-21 Dre-Mir-21-P1 Ebu-Mir-21 Eca-Mir-21 Ete-Mir-21 Gga-Mir-21 Gja-Mir-21 Gmo-Mir-21-P1 Hsa-Mir-21 Laf-Mir-21 Lch-Mir-21 Loc-Mir-21 Mdo-Mir-21 Mml-Mir-21 Mmr-Mir-21 Mmu-Mir-21 Mun-Mir-21 Neu-Mir-21 Oan-Mir-21 Ocu-Mir-21 Pab-Mir-21 Pbv-Mir-21 Pma-Mir-21 Rno-Mir-21 Sha-Mir-21 Spt-Mir-21 Sto-Mir-21 Tgu-Mir-21 Tni-Mir-21-P1 Xtr-Mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884812.1: 781696-781755 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCAUGUCCGUCACUCUCGGCCUGUCACAUAGCUUAUCAGACUGGUGUUGGCUGUUAGAUUGCAAGGCGACAACAGUCUGUAGGCUGUCUGACAUUUCGGGCUCUUUCAUCUGACAACAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGGCAUGUCCGUCACUC--| CC C U G G UGUUAG UCGG UGUCA AUAGCUUA CAGACUG UGUUG C \ GGCU ACAGU UGUCGGAU GUCUGAC ACAGC G A ACAACAGUCUACUUUCUCG^ UU C - A G AACGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mal-Mir-21-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCUUAUCAGACUGGUGUUGGC -23
Get sequence
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Star sequence | Mal-Mir-21-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGACAACAGUCUGUAGGCUGUC -60
Get sequence
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