MirGeneDB ID | Lan-Mir-10-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lan-Mir-10-P1g Lan-Mir-10-P1h Lan-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P4 Asu-Mir-10-P4 Bge-Mir-10-P4 Bpl-Mir-10-P4 Cte-Mir-10-P4 Dan-Mir-10-P4 Dma-Mir-10-P4 Dme-Mir-10-P4 Dmo-Mir-10-P4 Dpu-Mir-10-P4 Dsi-Mir-10-P4 Dya-Mir-10-P4 Hme-Mir-10-P4 Isc-Mir-10-P4 Nve-Mir-10 Tca-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01000928: 43692-43749 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAUGGGAGAGGACGUUACCCGCUGAAUGCACCCUGUAGUUUCGGGUUUGUGUUUACAUUGGGGUACAGAAGCUCGAUUCUACAGGUUCAUUUGAAGGGGACAAACACCAUACCAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAUGGGAGAGGACGUUA-| GC CAC UU G UUUACA CCC UGAAUG CCUGUAG UCGGGUUU UG U GGG GUUUAC GGACAUC AGCUCGAA AC U GAGACCAUACCACAAACAG^ AA UU- UU G AUGGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lan-Mir-10-P4d_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCUGUAGUUUCGGGUUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lan-Mir-10-P4d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGAAGCUCGAUUCUACAGGUU -58
Get sequence
|