| MirGeneDB ID | Lan-Mir-10-P1u | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lan-Mir-10-P1v Lan-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P4d Lan-Mir-10-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hru-Mir-10-P1 Isc-Mir-10-P1-v1 Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Mgi-Mir-10-P1 Mom-Mir-10-P1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P1 Pau-Mir-10-P1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rph-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01000202: 129197-129254 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1u) |
Mir-10-P1u
LFEI01000202: 129197-129254 [+]
Ensembl
Mir-10-P4e LFEI01000202: 159825-159882 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAUCCCAGAUCCCACUCGGCACCAUUUCUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUAUGAUAUUUGAAUACAAAUUCGGUCUAUAGGAUUUCAUGUGGUGUAGGUAAUUCAGCAUUUACUACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAUCCCAGAUCCCACUCG- UUCUAC-| U UGAUA GCACCAU CCUGUAGA CCGAAUUUGUA \ UGUGGUG GGAUAUCU GGCUUAAACAU U CAUCAUUUACGACUUAAUGGA UACUUUA^ - AAGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lan-Mir-10-P1u_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lan-Mir-10-P1u_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAAAUUCGGUCUAUAGGAUUUC -58
Get sequence
|
