| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P4 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P4 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P4 Ava-Mir-10-P4 Bge-Mir-10-P4 Bko-Mir-10-P4o1 Bko-Mir-10-P4o2 Bpl-Mir-10-P4 Csc-Mir-10-P4q Csc-Mir-10-P4r Cte-Mir-10-P4 Dan-Mir-10-P4 Dgr-Mir-10-P4 Dlo-Mir-10-P4-v1 Dma-Mir-10-P4 Dme-Mir-10-P4 Dpu-Mir-10-P4 Dsi-Mir-10-P4 Dya-Mir-10-P4 Efe-Mir-10-P4a Efe-Mir-10-P4b Efe-Mir-10-P4c Gpa-Mir-10-P4 Gsa-Mir-10-P4 Hme-Mir-10-P4 Isc-Mir-10-P4 Lan-Mir-10-P4d Lan-Mir-10-P4e Llo-Mir-10-P4-v1 Lpo-Mir-10-P4j Lpo-Mir-10-P4k Lpo-Mir-10-P4l Lpo-Mir-10-P4m Lpo-Mir-10-P4n Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P4 Pca-Mir-10-P4 Pcr-Mir-10-P4s1 Pcr-Mir-10-P4s2 Pcr-Mir-10-P4t Pdu-Mir-10-P4 Pdu-Mir-10-P4-as Snu-Mir-10-P4 Tca-Mir-10-P4 Tur-Mir-10-P4u Tur-Mir-10-P4v Tur-Mir-10-P4w | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6540: 16546199-16546279 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P4) |
Mir-10-P1
scaffold_6540: 16502920-16502982 [+]
Ensembl
Mir-10-P4 scaffold_6540: 16546199-16546279 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGCUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUGCUAAACAGAAACGCUCCCGUGACCUACCCUGUAGUUCCGGGCUUUUGUUUAUAGUGCAUACGAAUGCCAUUGUCAAUUAUCAGAAGCUCGUCUCUACAGGUAUCUCACAGGGUAGAAAGAAACAACUCAAACUCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGUGCUAAACAGAAACG- - -| CC C UUC UUUAUAGUGCAUACGA CU CCC GUGA UACC UGUAG CGGGCUUUUG \ GA GGG CACU AUGG ACAUC GCUCGAAGAC A ACUCAAACUCAACAAAGAAA U A^ CU - UCU UAUUAACUGUUACCGU . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dmo-Mir-10-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGUUCCGGGCUUUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dmo-Mir-10-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
58- GAAGCUCGUCUCUACAGGUAUCU -81
Get sequence
|
