MirGeneDB ID | Gmo-Mir-21-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-21 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-21-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-21-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-21 Ami-Mir-21 Bta-Mir-21 Cfa-Mir-21 Cja-Mir-21 Cli-Mir-21 Cmi-Mir-21 Cpi-Mir-21 Cpo-Mir-21 Dno-Mir-21 Dre-Mir-21-P2 Ebu-Mir-21 Eca-Mir-21 Ete-Mir-21 Gga-Mir-21 Gja-Mir-21 Hsa-Mir-21 Laf-Mir-21 Lch-Mir-21 Loc-Mir-21 Mal-Mir-21-P2 Mdo-Mir-21 Mml-Mir-21 Mmr-Mir-21 Mmu-Mir-21 Mun-Mir-21 Neu-Mir-21 Oan-Mir-21 Ocu-Mir-21 Pab-Mir-21 Pbv-Mir-21 Pma-Mir-21 Rno-Mir-21 Sha-Mir-21 Spt-Mir-21 Sto-Mir-21 Tgu-Mir-21 Tni-Mir-21-P2 Xtr-Mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4430: 429767-429827 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGCGCCUUGCUCUCUCCCGUCCCGUCAGCUAGCUUAUCAGACUGGUGUUGGCUGCUCUAUUGUCACGGCAACAACGGUCUGUAAGCUGGCUGAAGUUCUGGGCCAACGGCUUUGUCCACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGCGCCUUGCUCUCUC--| UCCCG U G G UGCUCUA CCG UCAGCUAGCUUA CAGACUG UGUUG C \ GGU AGUCGGUCGAAU GUCUGGC ACAAC G U ACACCUGUUUCGGCAACCG^ CUUGA - A - GCACUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-21-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044033 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCUUAUCAGACUGGUGUUGGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Mir-21-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAACAACGGUCUGUAAGCUGGC -61
Get sequence
|