| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-199-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-199-P1a-v1 Gmo-Mir-199-P1b-v1 Gmo-Mir-199-P2a-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cja-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Ocu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pbv-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Sha-Mir-199-P3-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2428: 217011-217071 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v2) |
Mir-199-P3-v1
GeneScaffold_2428: 217011-217071 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P3-v2 GeneScaffold_2428: 217011-217071 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P3-v3 GeneScaffold_2428: 217011-217071 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGCCUCCCACACUCACCCCCCCAGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUCAGGCUGCGUCUGAACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGACAGACACGCUCCGUCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGCCUCCCACACUCA- C-| C U C UCAGG CCC CCCAGCCUG CCAGUGU CAGACUAC UGUUCA C GGG GGGUCGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACAAGU U GGCUGCCUCGCACAGACA UC^ U C - CUGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-199-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
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| Mature sequence | Gmo-Mir-199-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Variant | Gmo-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGCCUCCCACACUCACCCCCCCAGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUCAGGCUGCGUCUGAACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGACAGACACGCUCCGUCGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGCCUCCCACACUCA- C-| C U C AUCAGG CCC CCCAGCCUG CCAGUGU CAGACUAC UGUUC C GGG GGGUCGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACAAG U GGCUGCCUCGCACAGACA UC^ U C - UCUGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-199-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-199-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Variant | Gmo-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGCCUCCCACACUCACCCCCCCAGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUCAGGCUGCGUCUGAACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGACAGACACGCUCCGUCGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGCCUCCCACACUCA- C-| C U C CAUCAGG CCC CCCAGCCUG CCAGUGU CAGACUAC UGUU C GGG GGGUCGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACAA U GGCUGCCUCGCACAGACA UC^ U C - GUCUGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-199-P3-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-199-P3-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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