| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-10-P3f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-10-P1e Ebu-Mir-10-P1f Ebu-Mir-10-P2e Ebu-Mir-10-P2f Ebu-Mir-10-P3e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P3 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P3 Agr-Mir-10-P3 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P3 Bfl-Mir-10-P3 Bge-Mir-10-P3 Bko-Mir-10-P3 Bla-Mir-10-P3 Bpl-Mir-10-P3 Cin-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P3 Dan-Mir-10-P3 Dlo-Mir-10-P3 Dma-Mir-10-P3 Dme-Mir-10-P3 Dmo-Mir-10-P3 Dpu-Mir-10-P3 Dsi-Mir-10-P3 Dya-Mir-10-P3 Eba-Mir-10-P3 Egr-Mir-10-P3 Esc-Mir-10-P3 Gpa-Mir-10-P3 Gsa-Mir-10-P3 Gsp-Mir-10-P3 Hru-Mir-10-P3 Isc-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P3 Lgi-Mir-10-P3 Lhy-Mir-10-P3 Llo-Mir-10-P3 Mgi-Mir-10-P3 Mom-Mir-10-P3 Nag-Mir-10-P3-v1 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P3 Ofu-Mir-10-P3 Ovu-Mir-10-P3 Pau-Mir-10-P3 Pca-Mir-10-P3 Pcr-Mir-10-P3 Pdu-Mir-10-P3 Ple-Mir-10-P3 Pmi-Mir-10-P3 Pve-Mir-10-P3 Rph-Mir-10-P3 Sko-Mir-10-P3 Snu-Mir-10-P3 Spu-Mir-10-P3 Tca-Mir-10-P3 War-Mir-10-P3 Xbo-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010565.1: 1843228-1843293 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P3f) |
Mir-10-P3f
FYBX02010565.1: 1843228-1843293 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P2f FYBX02010565.1: 1875678-1875735 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUAUCACAACAGGCUAGUGCUCCAUGCGUUCCCUGAGACCCUAACUCGUGAGAGGUCAGGUUGCUUGUUGACCACGAGCUGGGGUCGCAGGAAGCGUGCGAGGCACUCUGAUGAAAGCCUCAGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUAUCACAACAGGCUA-- - -| GUUC A A AGAGGUCAGG GUG CUC CAUGC CCUG GACCCUA CUCGUG U CAC GAG GUGCG GGAC CUGGGGU GAGCAC U CUGACUCCGAAAGUAGUCU G C^ AA-- G C CAGUUGUUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ebu-Mir-10-P3f_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCCUGAGACCCUAACUCGUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ebu-Mir-10-P3f_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- ACGAGCUGGGGUCGCAGGAAGC -66
Get sequence
|
