MirGeneDB ID | Ebu-Mir-10-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-10-P1e Ebu-Mir-10-P1f Ebu-Mir-10-P2f Ebu-Mir-10-P3e Ebu-Mir-10-P3f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cgi-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dpu-Mir-10-P2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lgi-Mir-10-P2 Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P2 Ovu-Mir-10-P2 Pfl-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Sko-Mir-10-P2 Tca-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009032.1: 3776594-3776654 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGAGUGAGACCUUCCAGCCGCCCCCUUACAACCCGUAGAUCCGAACUUGUGCUCUCUUCCUGGCUGUGCAAGGUCGUGCCUAUGGGUAGUGUGUGGUCGGACAACGCCUUCUUCUUGUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGGAGUGAGACCUUCCAG--| C CCU A AUC A CUCUCUU CCG CC UAC ACCCGUAG CGA CUUGUG \ GGC GG GUG UGGGUAUC GCU GAACGU C CUUGUUCUUCUUCCGCAACA^ U UGU A CGU G GUCGGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ebu-Mir-10-P2e_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACCCGUAGAUCCGAACUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ebu-Mir-10-P2e_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAAGGUCGUGCCUAUGGGUAGU -61
Get sequence
|