| MirGeneDB ID | Dya-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-306 Aga-Mir-306 Bge-Mir-306 Dan-Mir-306 Dlo-Mir-306 Dme-Mir-306 Dmo-Mir-306 Dsi-Mir-306 Gpa-Mir-306 Hme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 4404575-4404633 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-306) |
Mir-1006
2R: 4378147-4378210 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-9-P13 2R: 4404254-4404316 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v1 2R: 4404435-4404497 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2R: 4404435-4404497 [-] UCSC Ensembl Mir-306 2R: 4404575-4404633 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P11 2R: 4405087-4405156 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGAAAAGUUUUAAAGUCCACUCGGUGGCUCAGGUACUUAGUGACUCUCAAUGCUUUUGACAUUUUGGGGGUCACUCUGUGCCUGUGCUGCCAGUAGGACAUAAUCCACAAAUAAAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAAAAGUUUUAAAG-- -| C UG U UU UGCUUU UCC ACU GG GC CAGGUAC AGUGACUCUCAA \ AGG UGA CC CG GUCCGUG UCACUGGGGGUU U UGAAAUAAACACCUAAUAC A^ - GU U UC UUACAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dya-Mir-306_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGGUACUUAGUGACUCUCAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Dya-Mir-306_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGGGUCACUCUGUGCCUGUGC -59
Get sequence
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