| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-306 Aga-Mir-306 Bge-Mir-306 Dan-Mir-306 Dlo-Mir-306 Dme-Mir-306 Dmo-Mir-306 Dya-Mir-306 Gpa-Mir-306 Hme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 16226178-16226236 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-306) |
Mir-9-P11
2L: 16225666-16225735 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-306 2L: 16226178-16226236 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v1 2L: 16226326-16226388 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2L: 16226326-16226388 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P13 2L: 16226513-16226573 [+] UCSC Ensembl Mir-1006 2L: 16252437-16252500 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGAAUAGUUUAAAAGUCCACUCGAUGGCUCAGGUACUUAGUGACUCUCAAUGCCUUUGACAUUUUGGGGGUCACUCUGUGCCUGUGCUGCCAGUGGGACAUAAUCUACAAAUAAAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAAUAGUUUAAAAG---| CGA U UU UGCCUU UCCACU UGGC CAGGUAC AGUGACUCUCAA \ GGGUGA GUCG GUCCGUG UCACUGGGGGUU U UGAAAUAAACAUCUAAUACA^ CC- U UC UUACAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-306_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGGUACUUAGUGACUCUCAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-306_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGGGUCACUCUGUGCCUGUGC -59
Get sequence
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