| MirGeneDB ID | Aga-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-306 Bge-Mir-306 Dan-Mir-306 Dlo-Mir-306 Dme-Mir-306 Dmo-Mir-306 Dsi-Mir-306 Dya-Mir-306 Gpa-Mir-306 Hme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 5875483-5875544 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-306) |
Mir-9-P13
NC_064602.1: 5874685-5874750 [-]
Ensembl
Mir-9-P12 NC_064602.1: 5875198-5875261 [-] Ensembl Mir-306 NC_064602.1: 5875483-5875544 [-] Ensembl Mir-9-P11 NC_064602.1: 5878052-5878119 [-] Ensembl |
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| Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAUGCUUCUUCUGCGUCCUUUUCACAUGGUCAGGUACUGGAUGACUCUCAGUUGUGUGUAAAAGAUGCUGAGGGCCUUCUGGUACCUACCCCAGUGAGGACGCCAUUCGACCAACUUCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAUGCUUCUUCUGCGUCC-- AU-| C UG UGA UUGUGUG UUUUCAC GGU AGGUAC GA CUCUCAG U AGGAGUG CCA UCCAUG CU GGGAGUC A CUCCUUCAACCAGCUUACCGC ACC^ - GU UCC GUAGAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-306_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGGUACUGGAUGACUCUCAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Aga-Mir-306_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GAGGGCCUUCUGGUACCUACCC -62
Get sequence
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