| MirGeneDB ID | Aga-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-9-P10 Aga-Mir-9-P11 Aga-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-9-P13 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P13 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P13 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P13 Dme-Mir-9-P13 Dmo-Mir-9-P13 Dsi-Mir-9-P13 Dya-Mir-9-P13 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P13 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 5874685-5874750 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P13) |
Mir-9-P13
NC_064602.1: 5874685-5874750 [-]
Ensembl
Mir-9-P12 NC_064602.1: 5875198-5875261 [-] Ensembl Mir-306 NC_064602.1: 5875483-5875544 [-] Ensembl Mir-9-P11 NC_064602.1: 5878052-5878119 [-] Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAUAUCGUCCGUUGUUGCCACUUAUUGGGACUUUGGUGAUUUUAGCUGUAUGUUGAAUGCAUUCCUAACCACAUAUAGCUUUAUCACCAAAAACCUAAUGUGUGUGUACGUUUUAAGUUUGUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUAUAUCGUCCGUUGUU- -| U AC UUU UUGAAUGCA GC CAC UAUUGGG UUUGGUGAU AGCUGUAUG \ UG GUG GUAAUCC AAACCACUA UCGAUAUAC U UUUUGUUUGAAUUUUGCA U^ U AA UU- ACCAAUCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-9-P13_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUGGUGAUUUUAGCUGUAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Aga-Mir-9-P13_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUAGCUUUAUCACCAAAAACC -66
Get sequence
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