| MirGeneDB ID | Dme-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P10 Dme-Mir-9-P11 Dme-Mir-9-P12-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-9-P13 Aga-Mir-9-P13 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P13 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P13 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P13 Dmo-Mir-9-P13 Dsi-Mir-9-P13 Dya-Mir-9-P13 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P13 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 16698758-16698820 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P13) |
Mir-9-P11
2L: 16697936-16698005 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-306 2L: 16698418-16698476 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v1 2L: 16698572-16698634 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2L: 16698572-16698634 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P13 2L: 16698758-16698820 [+] UCSC Ensembl Mir-1006 2L: 16724795-16724858 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUUGCUCUUUUGUUUGCAUAUUAUUUGCUCUUUGGUGAUUUUAGCUGUAUGGUGUUUAUGUAUAUUCCAUAGAGCUUUAUUACCAAAAACCAAAUGGUUUCUGCAUUAUGUUUGAGUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUUGCUCUUUUGUUUGCAU--| CUC UUU G GUGUUUA AUUAUUUG UUUGGUGAU AGCU UAUG U UGGUAAAC AAACCAUUA UCGA AUAC G UAGUUGAGUUUGUAUUACGUCUU^ CAA UU- G CUUAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-9-P13_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUGAUUUUAGCUGUAUG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000395 TargetScanFly: dme-miR-9b |
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| Star sequence | Dme-Mir-9-P13_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAGAGCUUUAUUACCAAAAACC -63
Get sequence
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