| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-9-P9 Dmo-Mir-9-P10 Dmo-Mir-9-P11 Dmo-Mir-9-P12-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-9-P13 Aga-Mir-9-P13 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P13 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P13 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P13 Dme-Mir-9-P13 Dsi-Mir-9-P13 Dya-Mir-9-P13 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P13 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6500: 7202321-7202381 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P13) |
Mir-9-P11
scaffold_6500: 7201357-7201423 [+]
Ensembl
Mir-306 scaffold_6500: 7201959-7202025 [+] Ensembl Mir-9-P12-v1 scaffold_6500: 7202147-7202208 [+] Ensembl Mir-9-P12-v2 scaffold_6500: 7202147-7202208 [+] Ensembl Mir-9-P13 scaffold_6500: 7202321-7202381 [+] Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUGGCUUUUUAUUUUGCAUAUUAUUUGUUCUUUGGUGAUUUUAGCUGUAUGGUGUGCGCGUAUUCCAUAGAGCUUUAUUACCAAAAACCAAAUGGUCUUUGCAUUGCUUUCUUUUCGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUUGGCUUUUUAUUUUGCAU--| UUC UUU G GUGUGC AUUAUUUG UUUGGUGAU AGCU UAUG G UGGUAAAC AAACCAUUA UCGA AUAC C UUGCUUUUCUUUCGUUACGUUUC^ CAA UU- G CUUAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dmo-Mir-9-P13_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0008666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUGAUUUUAGCUGUAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Dmo-Mir-9-P13_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGAGCUUUAUUACCAAAAACC -61
Get sequence
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