| MirGeneDB ID | Dya-Mir-1006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1006 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAUUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-1006 Dme-Mir-1006 Dmo-Mir-1006 Dsi-Mir-1006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 4378147-4378210 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1006) |
Mir-9-P13
2R: 4404254-4404316 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-9-P12-v1 2R: 4404435-4404497 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2R: 4404435-4404497 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P11 2R: 4405087-4405156 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUAUCCUGUCCACUCGUGUCAACUUCCAGGUGAGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUUGGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUCUGCCUGUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUAUCCUGUCCACUCG--------| CA CCAG UU AUGCGUAAAUUGU UGU ACUU GUGAGU GAAAUUGAA U ACG UGGA UACUUA CUUUAGCUU U GGUGUCCGUCUUCUAGUUGACCAUA^ -- ---- UU AAAUUUAACAUGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-1006_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGAGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-1006_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAG -64
Get sequence
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