| MirGeneDB ID | Dre-Mir-192-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-192-P4 Bta-Mir-192-P4 Cfa-Mir-192-P4 Cja-Mir-192-P4 Cpi-Mir-192-P4 Cpo-Mir-192-P4 Dno-Mir-192-P4 Eca-Mir-192-P4 Ete-Mir-192-P4 Gja-Mir-192-P4 Gmo-Mir-192-P4b Hsa-Mir-192-P4 Loc-Mir-192-P4 Mal-Mir-192-P4b Mml-Mir-192-P4 Mmr-Mir-192-P4 Mmu-Mir-192-P4 Mun-Mir-192-P4 Neu-Mir-192-P4 Oan-Mir-192-P4 Ocu-Mir-192-P4 Pab-Mir-192-P4 Rno-Mir-192-P4 Sha-Mir-192-P4 Spt-Mir-192-P4 Tni-Mir-192-P4b-v1 Xtr-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr10: 27063369-27063431 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P4b) |
Mir-194-P4b
chr10: 27063188-27063244 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4b chr10: 27063369-27063431 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAGCAUGGUUAAGUCUAGGACACAGGGUGAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUGUUUGCAGUCCAGCUGCCUGUCAGUUCUGUAGGCCACUGCCCUGUUUAUCCUACUAAACACACACUGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAGCAUGGUUAAGUCUA C-- GA A -| C GUGUUUG GGA ACAGGGU UG CCUAU GAAUUGACAG CA C CCU UGUCCCG AC GGAUG CUUGACUGUC GU A UAGUCACACACAAAUCAU AUU UC C U^ C CGACCUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dre-Mir-192-P4b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGCCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-192 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dre-Mir-192-P4b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCUGUCAGUUCUGUAGGCCACUG -63
Get sequence
|
