| MirGeneDB ID | Tni-Mir-192-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-192-P4 Bta-Mir-192-P4 Cfa-Mir-192-P4 Cja-Mir-192-P4 Cpi-Mir-192-P4 Cpo-Mir-192-P4 Dno-Mir-192-P4 Dre-Mir-192-P4b Eca-Mir-192-P4 Ete-Mir-192-P4 Gja-Mir-192-P4 Gmo-Mir-192-P4b Hsa-Mir-192-P4 Loc-Mir-192-P4 Mal-Mir-192-P4b Mml-Mir-192-P4 Mmr-Mir-192-P4 Mmu-Mir-192-P4 Mun-Mir-192-P4 Neu-Mir-192-P4 Oan-Mir-192-P4 Ocu-Mir-192-P4 Pab-Mir-192-P4 Rno-Mir-192-P4 Sha-Mir-192-P4 Spt-Mir-192-P4 Xtr-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 7655511-7655571 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P4b-v1) |
Mir-194-P4b
7: 7655331-7655389 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4b-v1 7: 7655511-7655571 [+] UCSC Ensembl Mir-192-P4b-v2 7: 7655512-7655570 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-192-P4b-v1 |
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| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGGUCGCGGCCGUCCUGGGACACGAGGUGAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUAACUGGAGCCUCUGCCUGUCAGUUCUGUAGGCCACUGCUGCGUCCGUCCCCCUUCUCUACCUGCUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGGUCGCGGCCGUCCUG -- A GA A -| C GUAACU GGAC ACG GGU UG CCUAU GAAUUGACAG CA G CCUG UGC UCG AC GGAUG CUUGACUGUC GU G UCUCGUCCAUCUCUUCCC CC G UC C U^ C CUCCGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-192-P4b-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGCCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-192-P4b-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCUGUCAGUUCUGUAGGCCACUG -61
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-192-P4b-v2 |
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| Seed | GACCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGUCGCGGCCGUCCUGGGACACGAGGUGAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUAACUGGAGCCUCUGCCUGUCAGUUCUGUAGGCCACUGCUGCGUCCGUCCCCCUUCUCUACCUGCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGUCGCGGCCGUCCUG---- A A-| AUGA - C GUAACU GGAC CG GGUG CCUAU GAAUUGACAG CA G CCUG GU UCAC GGAUG CUUGACUGUC GU G CUCGUCCAUCUCUUCCCCCUG C CG^ C--- U C CUCCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-192-P4b-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGACCUAUGAAUUGACAGCCA -21
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-192-P4b-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUGUCAGUUCUGUAGGCCACU -59
Get sequence
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