| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-192-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-192-P4 Bta-Mir-192-P4 Cfa-Mir-192-P4 Cja-Mir-192-P4 Cpi-Mir-192-P4 Cpo-Mir-192-P4 Dno-Mir-192-P4 Dre-Mir-192-P4b Eca-Mir-192-P4 Ete-Mir-192-P4 Gja-Mir-192-P4 Hsa-Mir-192-P4 Loc-Mir-192-P4 Mal-Mir-192-P4b Mml-Mir-192-P4 Mmr-Mir-192-P4 Mmu-Mir-192-P4 Mun-Mir-192-P4 Neu-Mir-192-P4 Oan-Mir-192-P4 Ocu-Mir-192-P4 Pab-Mir-192-P4 Rno-Mir-192-P4 Sha-Mir-192-P4 Spt-Mir-192-P4 Tni-Mir-192-P4b-v1 Xtr-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4270: 35460-35519 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P4b) |
Mir-192-P4b
GeneScaffold_4270: 35460-35519 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P4b GeneScaffold_4270: 35898-35952 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAGUGACAGCUUGUCGGGGCGCAGGGUGAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUCGUCCUCAAGUUGCCUGUCAGUUUUAUAGGCCACUGCUGUGUAGGACCCCACUAACGACCGGUCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAGUGACAGCUUGUC- GGC- G GA A -| C GUCGUC GG GCA GGU UG CCUAU GAAUUGACAG CA \ CC UGU UCG AC GGAUA UUUGACUGUC GU C CGCUGGCCAGCAAUCACC AGGA G UC C U^ C UGAACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-192-P4b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGCCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-192-P4b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUGUCAGUUUUAUAGGCCACUG -60
Get sequence
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