MirGeneDB ID | Cli-Mir-458-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-458 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-458 Ami-Mir-458 Cpi-Mir-458 Dre-Mir-458 Gga-Mir-458 Gga-Mir-458-as Gja-Mir-458 Gmo-Mir-458 Lch-Mir-458 Loc-Mir-458 Mal-Mir-458 Mun-Mir-458 Oan-Mir-458 Pbv-Mir-458 Spt-Mir-458 Tgu-Mir-458 Tni-Mir-458 Xtr-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold636: 126030-126087 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-458-as) |
Mir-458-as
scaffold636: 126030-126087 [-]
Mir-458 scaffold636: 126032-126089 [+] |
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Seed | UAGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUAGAUGCUGGUUUUCCGGUACAUAUGGCAGUACCAUUCAAAGAGCUAUGACAAUGAGACUGUUUAUAGCUCUGGAAAUGGCGCUGCCAUCUGCACCACGGUGCAGCGGCUCAUCCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUUAGAUGCUGGUUUUCC--| A U UA CAA CAAUG GGU CA AUGGCAG CCAUU AGAGCUAUGA A CCA GU UACCGUC GGUAA UCUCGAUAUU G CCCUACUCGGCGACGUGGCA^ C C GC AGG UGUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cli-Mir-458-as_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUACCAUUCAAAGAGCUAUGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cli-Mir-458-as_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUAGCUCUGGAAAUGGCGCUGC -58
Get sequence
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