MirGeneDB ID | Gga-Mir-458-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-458 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-458b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-458 Ami-Mir-458 Cli-Mir-458 Cli-Mir-458-as Cpi-Mir-458 Dre-Mir-458 Gja-Mir-458 Gmo-Mir-458 Lch-Mir-458 Loc-Mir-458 Mal-Mir-458 Mun-Mir-458 Oan-Mir-458 Pbv-Mir-458 Spt-Mir-458 Tgu-Mir-458 Tni-Mir-458 Xtr-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
13: 8954786-8954843 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-458-as) |
Mir-458
13: 8954784-8954841 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-458-as 13: 8954786-8954843 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | UAGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUAGAUGCUGUUUUUCCAGUACAUAUGGCAGUACCAUUCAAAGAGCUAUGACAAUGACGCUGUUUAUAGCUCUGAAAAUGGCGCUGCCAUCUGCACCACGGCCGCGGCUCUGCUCCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAUAGAUGCUGUUUUUCCA--| A U UA CAA CAAUG GU CA AUGGCAG CCAUU AGAGCUAUGA A CA GU UACCGUC GGUAA UCUCGAUAUU C CCCUCGUCUCGGCGCCGGCAC^ C C GC AAG UGUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-458-as_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0025830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUACCAUUCAAAGAGCUAUGA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-458b-5p miRDB: MIMAT0025830 |
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Mature sequence | Gga-Mir-458-as_3p |
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mirBase accession | MIMAT0025831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUAGCUCUGAAAAUGGCGCUGC -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-458b-3p miRDB: MIMAT0025831 |