MirGeneDB ID | Gga-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-458 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-458a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-458-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-458 Ami-Mir-458 Cli-Mir-458 Cli-Mir-458-as Cpi-Mir-458 Dre-Mir-458 Gja-Mir-458 Gmo-Mir-458 Lch-Mir-458 Loc-Mir-458 Mal-Mir-458 Mun-Mir-458 Oan-Mir-458 Pbv-Mir-458 Spt-Mir-458 Tgu-Mir-458 Tni-Mir-458 Xla-Mir-458-P1 Xla-Mir-458-P2 Xtr-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
13: 8954784-8954841 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-458) |
Mir-458
13: 8954784-8954841 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-458-as 13: 8954786-8954843 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | UAGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCAGAGCCGCGGCCGUGGUGCAGAUGGCAGCGCCAUUUUCAGAGCUAUAAACAGCGUCAUUGUCAUAGCUCUUUGAAUGGUACUGCCAUAUGUACUGGAAAAACAGCAUCUAUGCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAGCAGAGCCGCGGCCGU--| G CG UC AAACAGC GGUGCA AUGGCAG CCAUUU AGAGCUAU G UCAUGU UACCGUC GGUAAG UCUCGAUA U UCGUAUCUACGACAAAAAGG^ A AU UU CUGUUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-458_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0007745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCGCCAUUUUCAGAGCUAUAA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-458a-5p miRDB: MIMAT0007745 |
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Mature sequence | Gga-Mir-458_3p |
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mirBase accession | MIMAT0007746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUAGCUCUUUGAAUGGUACUGC -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-458a-3p miRDB: MIMAT0007746 |