| MirGeneDB ID | Xla-Mir-551-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-551-P1a Xla-Mir-551-P2a Xla-Mir-551-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-551-P1 Cfa-Mir-551-P1 Cja-Mir-551-P1 Cli-Mir-551-P1 Cmi-Mir-551-P1 Cpi-Mir-551-P1 Eca-Mir-551-P1 Gja-Mir-551-P1 Hsa-Mir-551-P1 Laf-Mir-551-P1 Lch-Mir-551-P1 Loc-Mir-551-P1 Mdo-Mir-551-P1 Mml-Mir-551-P1 Mmr-Mir-551-P1 Neu-Mir-551-P1 Pab-Mir-551-P1 Pbv-Mir-551-P1 Pma-Mir-551-o1 Sha-Mir-551-P1 Spt-Mir-551-P1 Xtr-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030737.1: 70129845-70129902 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAUUUGGAGCAAAAGCUUGUUCGACCUUGGAAACCAAAGUUGGGUUGGGCCUGUUAGAUUCCAUAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAAGGGUUAGCAGGAAUAUCAGAAGCAAACCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAUUUGGAGCAAAAGC---| C G A - GG GUUAG UUGUU GACCUU GAAACCAA GU UGGGUU GCCU A GACGA UUGGGA CUUUGGUU CA ACCCAG CGGA U GUCCAAACGAAGACUAUAAG^ - A - U -- UACCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-551-P1b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAACCAAAGUUGGGUUGGGCCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-551-P1b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCGACCCAUACUUGGUUUCAA -58
Get sequence
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