| MirGeneDB ID | Ami-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-551-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-551-P1 Cja-Mir-551-P1 Cli-Mir-551-P1 Cmi-Mir-551-P1 Cpi-Mir-551-P1 Eca-Mir-551-P1 Gja-Mir-551-P1 Hsa-Mir-551-P1 Laf-Mir-551-P1 Lch-Mir-551-P1 Loc-Mir-551-P1 Mdo-Mir-551-P1 Mml-Mir-551-P1 Mmr-Mir-551-P1 Neu-Mir-551-P1 Pab-Mir-551-P1 Pbv-Mir-551-P1 Pma-Mir-551-o1 Sha-Mir-551-P1 Spt-Mir-551-P1 Xla-Mir-551-P1a Xla-Mir-551-P1b Xtr-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711487.1: 2467680-2467739 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAUCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAAGGGACACAUUUUCUGCUUUAACCUUGGAAAUCAAGGAUGGGUGAAGCCUGUUGGAAUAACUCUAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAAGGGUCAGCAGGGAUUCUGCAGAGGAAUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAAGGGACACAUUUUC----| UUA G G GAA GUUGGA UGCU ACCUU GAAAUCAAG AUGGGU GCCU A ACGA UGGGA CUUUGGUUC UACCCA CGGA U AAGUAAGGAGACGUCUUAGGG^ C-- A A G-- UCUCAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-551-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAAUCAAGGAUGGGUGAAGCCU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ami-Mir-551-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCGACCCAUACUUGGUUUCAA -60
Get sequence
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