| MirGeneDB ID | Xla-Mir-196-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-196-P1e Xla-Mir-196-P1f Xla-Mir-196-P4c-v1 Xla-Mir-196-P4d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P4 Ami-Mir-196-P4 Bta-Mir-196-P4 Cfa-Mir-196-P4 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P4 Cli-Mir-196-P4 Cmi-Mir-196-P4 Cpi-Mir-196-P4 Cpo-Mir-196-P4 Dno-Mir-196-P4 Eca-Mir-196-P4 Ete-Mir-196-P4 Gga-Mir-196-P4 Gja-Mir-196-P4 Hsa-Mir-196-P4 Laf-Mir-196-P4 Lch-Mir-196-P4 Loc-Mir-196-P4 Mml-Mir-196-P4 Mmr-Mir-196-P4 Mmu-Mir-196-P4 Mun-Mir-196-P4 Neu-Mir-196-P4 Oan-Mir-196-P4 Ocu-Mir-196-P4 Pab-Mir-196-P4 Rno-Mir-196-P4 Sha-Mir-196-P4 Spt-Mir-196-P4 Tgu-Mir-196-P4 Xtr-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 128789653-128789712 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-196-P4d-v2) |
Mir-196-P4d-v1
NC_030727.1: 128789652-128789713 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-196-P4d-v2 NC_030727.1: 128789653-128789712 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-196-P4d-v2 |
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| Seed | GGUAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUCUUUGUAUCCAGCUGAUCUGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGCUAAUUUCUUAACGCGGCAACAAGAAACUGCCUUAAUUACGUCAGUUCGUCUUCAUCAAGUGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAUCUUUGUAUCCAGC----| CU U A GGAUUGCUA UGAU GUGGUU AGGUAGUUUC UGUUGUUG A ACUG CAUUAA UCCGUCAAAG ACAACGGC U AACGUGAACUACUUCUGCUUG^ -- U A GCAAUUCUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-196-P4d-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-196-P4d-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCGGCAACAAGAAACUGCCUUA -60
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-196-P4d-v1 |
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| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUCUUUGUAUCCAGCUGAUCUGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGCUAAUUUCUUAACGCGGCAACAAGAAACUGCCUUAAUUACGUCAGUUCGUCUUCAUCAAGUGCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCAUCUUUGUAUCCAG----| CU U A GGAUUGCUA CUGAU GUGGUU AGGUAGUUUC UGUUGUUG A GACUG CAUUAA UCCGUCAAAG ACAACGGC U CAACGUGAACUACUUCUGCUU^ -- U A GCAAUUCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-196-P4d-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-196-P4d-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CGGCAACAAGAAACUGCCUUAA -62
Get sequence
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