| MirGeneDB ID | Xla-Mir-196-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-196-P1e Xla-Mir-196-P1f Xla-Mir-196-P4c-v1 Xla-Mir-196-P4d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P4 Ami-Mir-196-P4 Bta-Mir-196-P4 Cfa-Mir-196-P4 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P4 Cli-Mir-196-P4 Cmi-Mir-196-P4 Cpi-Mir-196-P4 Cpo-Mir-196-P4 Dno-Mir-196-P4 Eca-Mir-196-P4 Ete-Mir-196-P4 Gga-Mir-196-P4 Gja-Mir-196-P4 Hsa-Mir-196-P4 Laf-Mir-196-P4 Lch-Mir-196-P4 Loc-Mir-196-P4 Mml-Mir-196-P4 Mmr-Mir-196-P4 Mmu-Mir-196-P4 Mun-Mir-196-P4 Neu-Mir-196-P4 Oan-Mir-196-P4 Ocu-Mir-196-P4 Pab-Mir-196-P4 Rno-Mir-196-P4 Sha-Mir-196-P4 Spt-Mir-196-P4 Tgu-Mir-196-P4 Xtr-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 148332752-148332810 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-196-P4c-v2) |
Mir-196-P4c-v1
NC_030726.1: 148332751-148332811 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-196-P4c-v2 NC_030726.1: 148332752-148332810 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-196-P4c-v2 |
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| Seed | GGUAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUCUUUGUAUCCAGCUGAUCUGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGCUUUUUCUUAACGCGGCAACAAGAAACUGCCUUAAUUACGUCAGUUAGUCUUCAUCAAGUGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAUCUUUGUAUCCAGC----| CU U A GGAUUGCUU UGAU GUGGUU AGGUAGUUUC UGUUGUUG \ ACUG CAUUAA UCCGUCAAAG ACAACGGC U AACGUGAACUACUUCUGAUUG^ -- U A GCAAUUCUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-196-P4c-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-196-P4c-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCGGCAACAAGAAACUGCCUUA -59
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-196-P4c-v1 |
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| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUCUUUGUAUCCAGCUGAUCUGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGCUUUUUCUUAACGCGGCAACAAGAAACUGCCUUAAUUACGUCAGUUAGUCUUCAUCAAGUGCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCAUCUUUGUAUCCAG----| CU U A GGAUUGCUU CUGAU GUGGUU AGGUAGUUUC UGUUGUUG \ GACUG CAUUAA UCCGUCAAAG ACAACGGC U CAACGUGAACUACUUCUGAUU^ -- U A GCAAUUCUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-196-P4c-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-196-P4c-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CGGCAACAAGAAACUGCCUUAA -61
Get sequence
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