| MirGeneDB ID | Xla-Mir-144-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-144-P1-v1 Xla-Mir-144-P2-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-144 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Oan-Mir-144 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 32856364-32856421 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-P1-v2) |
Mir-144-P1-v1
NC_030726.1: 32856364-32856421 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-144-P1-v2 NC_030726.1: 32856364-32856421 [+] UCSC Ensembl Mir-451-P1 NC_030726.1: 32856944-32856985 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-144-P1-v2 |
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| Seed | ACAGUAU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUACUUGAGGCCUUUGGGACUGAGUUUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUUUUAAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACACCAAGUCUCUCAAGCACCCGCCGUCGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGUACUUGAGGCCUUU--| GA U G A AGUUUGUU GGGACU GU UGG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CUCUGA CA AUC UGUAGUAG AUAUGACAU U UCGCUGCCGCCCACGAACU^ AC C A - CACAGAAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-144-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-144-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-144-P1-v1 |
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| Seed | GAUAUCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUACUUGAGGCCUUUGGGACUGAGUUUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGUUUUAAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACACCAAGUCUCUCAAGCACCCGCCGUCGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGUACUUGAGGCCUUU--| GA U G A A UUGUU GGGACU GU UGG AUAUCAUC UAUACUGUA GU U CUCUGA CA AUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U UCGCUGCCGCCCACGAACU^ AC C A - - CAGAA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-144-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Xla-Mir-144-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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