| MirGeneDB ID | Tur-Mir-210-P21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-210-P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-210 Agr-Mir-210 Ami-Mir-210 Bfl-Mir-210 Bla-Mir-210 Bta-Mir-210 Cfa-Mir-210 Cja-Mir-210 Cli-Mir-210 Cmi-Mir-210 Cpi-Mir-210 Cpo-Mir-210 Dgr-Mir-210 Dma-Mir-210 Dno-Mir-210 Dpu-Mir-210 Dre-Mir-210 Eba-Mir-210 Ebu-Mir-210 Eca-Mir-210 Egr-Mir-210 Ete-Mir-210 Gga-Mir-210 Gja-Mir-210 Gmo-Mir-210 Hsa-Mir-210 Isc-Mir-210 Lan-Mir-210 Lch-Mir-210 Lgi-Mir-210 Lhy-Mir-210 Llo-Mir-210 Loc-Mir-210 Mal-Mir-210 Mdo-Mir-210 Mgi-Mir-210 Mml-Mir-210 Mmr-Mir-210 Mmu-Mir-210 Mom-Mir-210 Mun-Mir-210 Neu-Mir-210 Npo-Mir-210 Oan-Mir-210 Ocu-Mir-210 Ofu-Mir-210 Pab-Mir-210 Pau-Mir-210 Pbv-Mir-210 Pca-Mir-210 Pma-Mir-210 Rno-Mir-210 Sha-Mir-210 Sko-Mir-210 Sma-Mir-210 Snu-Mir-210 Spt-Mir-210 Tgu-Mir-210 Tni-Mir-210 War-Mir-210 Xla-Mir-210-P21 Xtr-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587323.1: 68257-68325 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-210-P21) |
Mir-210-P21
HE587323.1: 68257-68325 [+]
Ensembl
Mir-210-P22 HE587323.1: 74280-74348 [-] Ensembl |
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| Seed | UGUGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUUGAGCAAAUUAUUGAAAUGAUCUGUUAGUUGUUUGACCACGACACAAGGUUGCAUUUAAAAUCUUUUUAUCUUUGUGCGUGUUUCAAGCGGCUGUUGGUUCAUUUUAACCAUCAACAUUGCCUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAUUGAGCAAAUUAUU-- U GU C-| A UUGCAUUUAA GAAAUGA CU UAGUUGUUUGA CACG CACAAGG \ UUUUACU GG GUCGGCGAACU GUGC GUGUUUC A CUUCCGUUACAACUACCAA U UU UU^ - UAUUUUUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-210-P21_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGUUUGACCACGACACAAGG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-210-P21_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UUGUGCGUGUUUCAAGCGGCUGU -69
Get sequence
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