MirGeneDB ID | Tgu-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-139 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-139 Ami-Mir-139 Bta-Mir-139 Cfa-Mir-139 Cja-Mir-139 Cli-Mir-139 Cmi-Mir-139 Cpi-Mir-139 Cpo-Mir-139 Dno-Mir-139 Dre-Mir-139 Eca-Mir-139 Ete-Mir-139 Gja-Mir-139 Gmo-Mir-139 Hsa-Mir-139 Laf-Mir-139 Lch-Mir-139 Loc-Mir-139 Mal-Mir-139 Mdo-Mir-139 Mml-Mir-139 Mmr-Mir-139 Mmu-Mir-139 Mun-Mir-139 Neu-Mir-139 Oan-Mir-139 Ocu-Mir-139 Pab-Mir-139 Pbv-Mir-139 Rno-Mir-139 Sha-Mir-139 Spt-Mir-139 Sto-Mir-139 Tni-Mir-139 Xla-Mir-139-P1 Xla-Mir-139-P2 Xtr-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
1: 4315039-4315097 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGCCACCUGUCUGAGGCCUGGCUGUAUUCUACAGUGCAUGUGUCUCCAGUGUGAGUAAGUGACUGGAGAUGCGGCCCUGUUGGAAUAACAUCCAGUGCCGAUGUCUUCAGCUGGAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GACAGCCACCUGUCUGAG - C - -| U A GUGAG GC CUGG UG UAUUCU ACAG GC UGUGUCUCCAGU \ CG GACC AC AUAAGG UGUC CG GCGUAGAGGUCA U AAGGUCGACUUCUGUAGC U U A U^ C - GUGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tgu-Mir-139_5p |
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mirBase accession | MIMAT0014500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUACAGUGCAUGUGUCUCCAGU -23
Get sequence
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Star sequence | Tgu-Mir-139_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0014626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGGAGAUGCGGCCCUGUUGGAAU -59
Get sequence
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