MirGeneDB ID | Eca-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-139 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-139 Ami-Mir-139 Bta-Mir-139 Cfa-Mir-139 Cja-Mir-139 Cli-Mir-139 Cmi-Mir-139 Cpi-Mir-139 Cpo-Mir-139 Dno-Mir-139 Dre-Mir-139 Ete-Mir-139 Gja-Mir-139 Gmo-Mir-139 Hsa-Mir-139 Laf-Mir-139 Lch-Mir-139 Loc-Mir-139 Mal-Mir-139 Mdo-Mir-139 Mml-Mir-139 Mmr-Mir-139 Mmu-Mir-139 Mun-Mir-139 Neu-Mir-139 Oan-Mir-139 Ocu-Mir-139 Pab-Mir-139 Pbv-Mir-139 Rno-Mir-139 Sha-Mir-139 Spt-Mir-139 Sto-Mir-139 Tgu-Mir-139 Tni-Mir-139 Xla-Mir-139-P1 Xla-Mir-139-P2 Xtr-Mir-139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009154.1: 73259104-73259162 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGAUGCCAAGACUGGGCUCAGGUGUACUCUACAGUGCACGUGUCUCCAGUGUGGCUCCGAGGCUGGAGACGCGGCCCUGUUGGAGUAACAACUGAAGCCAGUGUCUGCGAAGGGCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGAUGCCAAGACUGG - G - -| U A GUGGC GC UCAG UG UACUCU ACAG GC CGUGUCUCCAGU \ CG AGUC AC AUGAGG UGUC CG GCGCAGAGGUCG U ACGGGAAGCGUCUGUGAC A A A U^ C - GAGCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-139_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUACAGUGCACGUGUCUCCAGU -23
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-139_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGGAGACGCGGCCCUGUUGGAGU -59
Get sequence
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