MirGeneDB ID | Sto-Mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1388 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1388 Ami-Mir-1388 Bta-Mir-1388 Cfa-Mir-1388 Cli-Mir-1388 Cmi-Mir-1388 Cpi-Mir-1388 Cpo-Mir-1388 Dno-Mir-1388 Dre-Mir-1388 Eca-Mir-1388 Eca-Mir-1388-as Ete-Mir-1388 Gga-Mir-1388 Gja-Mir-1388 Gmo-Mir-1388 Laf-Mir-1388 Lch-Mir-1388 Loc-Mir-1388 Mal-Mir-1388 Mdo-Mir-1388 Mmr-Mir-1388 Mun-Mir-1388 Oan-Mir-1388-v1 Pbv-Mir-1388 Sha-Mir-1388 Spt-Mir-1388 Tgu-Mir-1388 Tni-Mir-1388 Xla-Mir-1388-P1 Xla-Mir-1388-P2 Xtr-Mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01000670.1: 364959-365018 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGACUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUGAAAGACAAUGUUGAGAGGUGCCUCAAGGACUGUCUAACCUGAGAAUGGUGAAAAUGAAGGUCAAUCUCAGGUCCGUCAGCCCAUGAAACACGUCUCGUUUGCUAAGAAAAACCCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGAAAGACAAUGUU--| G CC A A UCUA A UGAAA GAGA GUG UCA GG CUG ACCUGAGA UGG A CUCU CAC AGU CC GAC UGGACUCU ACU U CCCCAAAAAGAAUCGUUUG^ G AA A C UGCC A GGAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sto-Mir-1388_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGACUGUCUAACCUGAGAAUGG -23
Get sequence
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Star sequence | Sto-Mir-1388_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUCUCAGGUCCGUCAGCCCAUG -60
Get sequence
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