MirGeneDB ID | Gmo-Mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1388 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-1338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1388 Ami-Mir-1388 Bta-Mir-1388 Cfa-Mir-1388 Cli-Mir-1388 Cmi-Mir-1388 Cpi-Mir-1388 Cpo-Mir-1388 Dno-Mir-1388 Dre-Mir-1388 Eca-Mir-1388 Eca-Mir-1388-as Ete-Mir-1388 Gga-Mir-1388 Gja-Mir-1388 Laf-Mir-1388 Lch-Mir-1388 Loc-Mir-1388 Mal-Mir-1388 Mdo-Mir-1388 Mmr-Mir-1388 Mun-Mir-1388 Oan-Mir-1388-v1 Pbv-Mir-1388 Sha-Mir-1388 Spt-Mir-1388 Sto-Mir-1388 Tgu-Mir-1388 Tni-Mir-1388 Xla-Mir-1388-P1 Xla-Mir-1388-P2 Xtr-Mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_370: 43931-43989 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCUCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUUUCUCCUCUAUUGGGUGGUUCUUUCCAGGACUGUCACACCUGAGCAUGGUACCUUGAGGCUCAAUCUCAGGUUUGUCAGCCCAUGAAAUGCUUACUCGUCUCAGCGUAGCACGAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGGUUUCUCCUCUAUUG-- -| UC CA A U C C GGUACCU GGU GGU UUUC GG CUG CA ACCUGAG AU U UCA UCG AAAG CC GAC GU UGGACUC UA G AAGCACGAUGCGACUCUGC U^ U- UA C U U - ACUCGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-1388_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0044237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGACUGUCACACCUGAGCAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-1388_3p |
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mirBase accession | MIMAT0044238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCUCAGGUUUGUCAGCCCAUG -59
Get sequence
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