MirGeneDB ID | Sme-Mir-96-P1j | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-96a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-96-P1k | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Ava-Mir-96-o1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cja-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Eba-Mir-96-P1 Eca-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Egr-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Laf-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Lhy-Mir-96-P1 Llo-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmr-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Neu-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pab-Mir-96-P1 Pau-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pca-Mir-96-P1 Pcr-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Sma-Mir-96-P1 Snu-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sro-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 War-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000022_dd_Smes_g4_22: 4678463-4678530 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGCUUGCACUUCAUUUGAGUAUAUAUCGUUUGGCACUUAAGGAAUUGUCACUAGUGUUCUUUUUAAAGUUCGGUGACAAUACUAAAGAGUCAAGCGUUUCAACUCGAUUCGCUUCAUAUAUUAAUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGGCUUGCACUUCAUU---| AUAUAU A A GA UAGUGUUCUU UGAGU CGUUUGGC CUU AG AUUGUCAC \ GCUCA GCGAACUG GAA UC UAACAGUG U GUAAUUAUAUACUUCGCUUA^ ACUUU- A A A- GCUUGAAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-96-P1j_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCACUUAAGGAAUUGUCAC -23
Get sequence
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Star sequence | Sme-Mir-96-P1j_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
46- GACAAUACUAAAGAGUCAAGCG -68
Get sequence
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