MirGeneDB ID | Sha-Mir-7371-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-7371-o2 Sha-Mir-7371-o3 Sha-Mir-7371-o4-v1 Sha-Mir-7371-o13 Sha-Mir-7371-o14 Sha-Mir-7371-o15 Sha-Mir-7371-o16 Sha-Mir-7371-o17 Sha-Mir-7371-o18 Sha-Mir-7371-o19 Sha-Mir-7371-o20 Sha-Mir-7371-o24 Sha-Mir-7371-o25 Sha-Mir-7371-o26 Sha-Mir-7371-o27 Sha-Mir-7371-o28 Sha-Mir-7371-P11d Sha-Mir-7371-P11e Sha-Mir-7371-P12a Sha-Mir-7371-P12b Sha-Mir-7371-P13 Sha-Mir-7371-P15 Sha-Mir-7371-P17 Sha-Mir-7371-P18 Sha-Mir-7371-P19-v1 Sha-Mir-7371-P20 Sha-Mir-7371-P25 Sha-Mir-7371-P28a Sha-Mir-7371-P28b Sha-Mir-7371-P29 Sha-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7371-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL867598.1: 1401798-1401859 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7371-o1) |
Mir-7262-P5
GL867598.1: 1359395-1359452 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7370 GL867598.1: 1366572-1366630 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o1 GL867598.1: 1401798-1401859 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o2 GL867598.1: 1403552-1403609 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o3 GL867598.1: 1405296-1405356 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o4-v1 GL867598.1: 1407246-1407303 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o4-v2 GL867598.1: 1407246-1407304 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUACUCUCCUGACAUCUCCUUCACCAGCUUCCUUUGUACAAGAUGUUCUAUUGUGUAAAUACCAUCAAAGAGCAUAUUGUACAAAGGGUGUUGUUGGCAUGGUAUUAGCAUUCCAAACUGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUACUCUCCUGACAUCU- U--| C U G AUUGUGUAA CC UCA CAGC UCCUUUGUACAA AUGUUCU \ GG GGU GUUG GGGAAACAUGUU UACGAGA A AGUCAAACCUUACGAUUAU UAC^ U U A AACUACCAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sha-Mir-7371-o1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCUUUGUACAAGAUGUUCUAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sha-Mir-7371-o1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AGAGCAUAUUGUACAAAGGGUGU -62
Get sequence
|