MirGeneDB ID | Sha-Mir-7371-o28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-7371-o1 Sha-Mir-7371-o2 Sha-Mir-7371-o3 Sha-Mir-7371-o4-v1 Sha-Mir-7371-o13 Sha-Mir-7371-o14 Sha-Mir-7371-o15 Sha-Mir-7371-o16 Sha-Mir-7371-o17 Sha-Mir-7371-o18 Sha-Mir-7371-o19 Sha-Mir-7371-o20 Sha-Mir-7371-o24 Sha-Mir-7371-o25 Sha-Mir-7371-o26 Sha-Mir-7371-o27 Sha-Mir-7371-P11d Sha-Mir-7371-P11e Sha-Mir-7371-P12a Sha-Mir-7371-P12b Sha-Mir-7371-P13 Sha-Mir-7371-P15 Sha-Mir-7371-P17 Sha-Mir-7371-P18 Sha-Mir-7371-P19-v1 Sha-Mir-7371-P20 Sha-Mir-7371-P25 Sha-Mir-7371-P28a Sha-Mir-7371-P28b Sha-Mir-7371-P29 Sha-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7371-P28a Mdo-Mir-7371-P28b Neu-Mir-7371-P28a Neu-Mir-7371-P28b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL867599.1: 336354-336413 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7371-o28) |
Mir-7371-o20
GL867599.1: 288456-288512 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7371-P25 GL867599.1: 288952-289010 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P28a GL867599.1: 291545-291603 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P28b GL867599.1: 291681-291739 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P29 GL867599.1: 296036-296093 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o25 GL867599.1: 306076-306133 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o27 GL867599.1: 309953-310010 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o26 GL867599.1: 323224-323283 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P39 GL867599.1: 325951-326008 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o24 GL867599.1: 330790-330846 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o28 GL867599.1: 336354-336413 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCCUACCAUCCUUCCUUCCAUUUGCCUCAGCUGUACAAAUGUGACAUUUUAUAGAUAAUAAUAAAGUCGUCAUAUUAUGUGCAGCAGUGGCAGUGGGAGAUAAGCCUUCCAGACAGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUCCUACCAUCCUUCC--- U UCA - -| AUAGA UUCCA UUGCC GCUGUACA AAUGUGAC AUUUU U AGGGU GACGG CGACGUGU UUAUACUG UGAAA A CAGACAGACCUUCCGAAUAG - UGA A C^ UAAUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sha-Mir-7371-o28_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGUACAAAUGUGACAUUUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sha-Mir-7371-o28_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AGUCGUCAUAUUAUGUGCAGCAGU -60
Get sequence
|