| MirGeneDB ID | Sha-Mir-7371-o14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-7371-o1 Sha-Mir-7371-o2 Sha-Mir-7371-o3 Sha-Mir-7371-o4-v1 Sha-Mir-7371-o13 Sha-Mir-7371-o15 Sha-Mir-7371-o16 Sha-Mir-7371-o17 Sha-Mir-7371-o18 Sha-Mir-7371-o19 Sha-Mir-7371-o20 Sha-Mir-7371-o24 Sha-Mir-7371-o25 Sha-Mir-7371-o26 Sha-Mir-7371-o27 Sha-Mir-7371-o28 Sha-Mir-7371-P11d Sha-Mir-7371-P11e Sha-Mir-7371-P12a Sha-Mir-7371-P12b Sha-Mir-7371-P13 Sha-Mir-7371-P15 Sha-Mir-7371-P17 Sha-Mir-7371-P18 Sha-Mir-7371-P19-v1 Sha-Mir-7371-P20 Sha-Mir-7371-P25 Sha-Mir-7371-P28a Sha-Mir-7371-P28b Sha-Mir-7371-P29 Sha-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-7371-P14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867599.1: 282161-282220 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7371-o14) |
Mir-7371-P11d
GL867599.1: 264773-264832 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7371-P11e GL867599.1: 265109-265168 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P12a GL867599.1: 265411-265466 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P13 GL867599.1: 266975-267033 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P12b GL867599.1: 268115-268171 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P15 GL867599.1: 269778-269829 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P17 GL867599.1: 272217-272276 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P18 GL867599.1: 273421-273478 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P19-v2 GL867599.1: 274757-274816 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P19-v1 GL867599.1: 274758-274815 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P20 GL867599.1: 275372-275430 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o13 GL867599.1: 281866-281924 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o14 GL867599.1: 282161-282220 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o15 GL867599.1: 283417-283476 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o16 GL867599.1: 284323-284382 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o17 GL867599.1: 284637-284696 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o18 GL867599.1: 284786-284845 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o19 GL867599.1: 285477-285536 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o20 GL867599.1: 288456-288512 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P25 GL867599.1: 288952-289010 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P28a GL867599.1: 291545-291603 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P28b GL867599.1: 291681-291739 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P29 GL867599.1: 296036-296093 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o25 GL867599.1: 306076-306133 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o27 GL867599.1: 309953-310010 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o26 GL867599.1: 323224-323283 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P39 GL867599.1: 325951-326008 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-o24 GL867599.1: 330790-330846 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUAAAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAAGUCAGCUAGCCUUCUCAGCAACCUCGCUUGGAUAAGGUAUUCUUAUUUUGUGAAUUUUACCAAAAUAAAUUACCUUAUCCUUGGAGGCUGUUGGGAAAGAACUUCCUAGCCCAGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAAGUCAGCUAGCCU--| A GCUU UUC UGUGAA UCUCAGCA CCUC GGAUAAGGUA UUAUUU U AGGGUUGU GGAG CCUAUUCCAU AAUAAA U UGACCCGAUCCUUCAAGAA^ C GUU- UA- ACCAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sha-Mir-7371-o14_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUGGAUAAGGUAUUCUUAUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sha-Mir-7371-o14_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUAAAUUACCUUAUCCUUGGA -60
Get sequence
|
