MirGeneDB ID | Sha-Mir-7262-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-7262 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-7262-P1 Sha-Mir-7262-P2 Sha-Mir-7262-P3 Sha-Mir-7262-P4 Sha-Mir-7262-P6 Sha-Mir-7262-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7262-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL867598.1: 1359395-1359452 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7262-P5) |
Mir-7262-P5
GL867598.1: 1359395-1359452 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7370 GL867598.1: 1366572-1366630 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o1 GL867598.1: 1401798-1401859 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o2 GL867598.1: 1403552-1403609 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o3 GL867598.1: 1405296-1405356 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o4-v1 GL867598.1: 1407246-1407303 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o4-v2 GL867598.1: 1407246-1407304 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUGCCAGAUGUGACAGUACACGGUGUCCCGAAAGUCUUGAUGCAAUUUUAGCAAUUAAAGUGUAAAAAUGCACUAAGACUUUUAGGACACCCUGCACAUACAGUGUUCUGCAUCUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUCUGCCAGAUGUGACA--| A C CG A A GCAAU GU CA GGUGUCC AAAGUCUUG UGCA UUUUA U CA GU CCACAGG UUUCAGAAU ACGU AAAAU A GUCUACGUCUUGUGACAUA^ C C AU C A GUGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sha-Mir-7262-P5_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGAAAGUCUUGAUGCAAUUUUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Sha-Mir-7262-P5_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAAAUGCACUAAGACUUUUAGG -58
Get sequence
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