MirGeneDB ID | Sha-Mir-7370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-7370 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7370 Neu-Mir-7370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL867598.1: 1366572-1366630 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7370) |
Mir-7262-P5
GL867598.1: 1359395-1359452 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7370 GL867598.1: 1366572-1366630 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o1 GL867598.1: 1401798-1401859 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o2 GL867598.1: 1403552-1403609 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o3 GL867598.1: 1405296-1405356 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o4-v1 GL867598.1: 1407246-1407303 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o4-v2 GL867598.1: 1407246-1407304 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | UUCACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUCUUUCUUCUUUCCCUUCCAGUUGCCCCAUUCACACCAGAUGCUCCCUUUUGUGAAUUCUGUCAAAAGGGAUAUCCUGUGUGAAAGGGGUUGCUGGGACUGAAUUCCUGAGCCGGAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAUCUUUCUUCUUUCCC--| U A CA C GUGAA UUCCAGU GCCCC UUCACAC GAUG UCCCUUUU U AGGGUCG UGGGG AAGUGUG CUAU AGGGAAAA U AAGGCCGAGUCCUUAAGUC^ U A UC - CUGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sha-Mir-7370_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUCACACCAGAUGCUCCCUUUU -23
Get sequence
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Star sequence | Sha-Mir-7370_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAGGGAUAUCCUGUGUGAAAGG -59
Get sequence
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