| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7371-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7371a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7371-P2a Mdo-Mir-7371-P2b Mdo-Mir-7371-P3 Mdo-Mir-7371-P4 Mdo-Mir-7371-P5 Mdo-Mir-7371-P6 Mdo-Mir-7371-P7 Mdo-Mir-7371-P8-v1 Mdo-Mir-7371-P9 Mdo-Mir-7371-P10 Mdo-Mir-7371-P11a Mdo-Mir-7371-P11b Mdo-Mir-7371-P11c Mdo-Mir-7371-P12 Mdo-Mir-7371-P13 Mdo-Mir-7371-P14 Mdo-Mir-7371-P15 Mdo-Mir-7371-P16 Mdo-Mir-7371-P17 Mdo-Mir-7371-P18 Mdo-Mir-7371-P19-v1 Mdo-Mir-7371-P20 Mdo-Mir-7371-P21 Mdo-Mir-7371-P22 Mdo-Mir-7371-P23 Mdo-Mir-7371-P24 Mdo-Mir-7371-P25 Mdo-Mir-7371-P26 Mdo-Mir-7371-P27 Mdo-Mir-7371-P28a Mdo-Mir-7371-P28b Mdo-Mir-7371-P30 Mdo-Mir-7371-P31 Mdo-Mir-7371-P32 Mdo-Mir-7371-P33 Mdo-Mir-7371-P34 Mdo-Mir-7371-P35 Mdo-Mir-7371-P36 Mdo-Mir-7371-P37 Mdo-Mir-7371-P38 Mdo-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sha-Mir-7371-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 38895437-38895494 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7371-P1) |
Mir-7370
X: 38866830-38866888 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7371-P1 X: 38895437-38895494 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P2a X: 38896648-38896704 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P3 X: 38897274-38897334 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P4 X: 38897921-38897979 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P5 X: 38898553-38898610 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P6 X: 38899297-38899358 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P7 X: 38901020-38901081 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P8-v1 X: 38901553-38901612 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P8-v2 X: 38901553-38901612 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P2b X: 38902124-38902180 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P9 X: 38902981-38903043 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCUCCUGCCAUAUCCUCCACUUGCUUCCUUUGUACAAGAUGCUCUGUUUUGUAAAUAUCAUCAAAUAGAGCAUACUUGUGCAAAGGAAGUUAUUGGAGGUACAACUCUACCUUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUCUCCUGCCAUAUCC-- CUU -| UGUAAA UCCA GCUUCCUUUGUACAAG AUGCUCUGUUU \ AGGU UGAAGGAAACGUGUUC UACGAGAUAAA U AAGUUCCAUCUCAACAUGG UAU A^ CUACUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There are Drosha cuts -1 -2 and -3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7371-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGUACAAGAUGCUCUGUUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7371a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7371-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028773 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAGAGCAUACUUGUGCAAAGG -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7371a-3p |
