| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7371-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7371h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7371-P1 Mdo-Mir-7371-P2a Mdo-Mir-7371-P2b Mdo-Mir-7371-P3 Mdo-Mir-7371-P4 Mdo-Mir-7371-P5 Mdo-Mir-7371-P6 Mdo-Mir-7371-P7 Mdo-Mir-7371-P8-v1 Mdo-Mir-7371-P9 Mdo-Mir-7371-P10 Mdo-Mir-7371-P11a Mdo-Mir-7371-P11b Mdo-Mir-7371-P11c Mdo-Mir-7371-P12 Mdo-Mir-7371-P13 Mdo-Mir-7371-P14 Mdo-Mir-7371-P15 Mdo-Mir-7371-P16 Mdo-Mir-7371-P17 Mdo-Mir-7371-P18 Mdo-Mir-7371-P19-v1 Mdo-Mir-7371-P20 Mdo-Mir-7371-P21 Mdo-Mir-7371-P22 Mdo-Mir-7371-P23 Mdo-Mir-7371-P24 Mdo-Mir-7371-P25 Mdo-Mir-7371-P26 Mdo-Mir-7371-P27 Mdo-Mir-7371-P28a Mdo-Mir-7371-P28b Mdo-Mir-7371-P30 Mdo-Mir-7371-P31 Mdo-Mir-7371-P32 Mdo-Mir-7371-P33 Mdo-Mir-7371-P34 Mdo-Mir-7371-P35 Mdo-Mir-7371-P36 Mdo-Mir-7371-P37 Mdo-Mir-7371-P38 Mdo-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 38901553-38901612 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7371-P8-v2) |
Mir-7370
X: 38866830-38866888 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7371-P1 X: 38895437-38895494 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P2a X: 38896648-38896704 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P3 X: 38897274-38897334 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P4 X: 38897921-38897979 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P5 X: 38898553-38898610 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P6 X: 38899297-38899358 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P7 X: 38901020-38901081 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P8-v1 X: 38901553-38901612 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P8-v2 X: 38901553-38901612 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P2b X: 38902124-38902180 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-P9 X: 38902981-38903043 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-7371-P8-v2 |
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| Seed | UGAAGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGCAUAACUAACAAUCCUCCACCUGCUUUAUUUGUACAAGCCGCUUUUUUUGUGUAGUCUAUCAAAUGAAGCGACUUGUGCAAAUGAAGUUGGUAGGGGUGGAACGGCACACUUAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGCAUAACUAACAAU--| C U C U GUGUA CCUC ACC GCUUUAUUUGUACAAG CGCUUU UUU G GGGG UGG UGAAGUAAACGUGUUC GCGAAG AAA U AAGAUUCACACGGCAAGGU^ A U A U CUAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-7371-P8-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUUUGUACAAGCCGCUUUUUUU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7371h-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7371-P8-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUGAAGCGACUUGUGCAAAUGAA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7371h-3p |
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| Variant | Mdo-Mir-7371-P8-v1 |
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| Seed | GAAGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGCAUAACUAACAAUCCUCCACCUGCUUUAUUUGUACAAGCCGCUUUUUUUGUGUAGUCUAUCAAAUGAAGCGACUUGUGCAAAUGAAGUUGGUAGGGGUGGAACGGCACACUUAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGCAUAACUAACAAU--| C U C UUUUGUGUA CCUC ACC GCUUUAUUUGUACAAG CGCUUU G GGGG UGG UGAAGUAAACGUGUUC GCGAAG U AAGAUUCACACGGCAAGGU^ A U A UAAACUAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7371-P8-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUUUGUACAAGCCGCUUUUUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7371h-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7371-P8-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAAGCGACUUGUGCAAAUGAA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7371h-3p |
