| MirGeneDB ID | Pab-Mir-506-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-506-P1a Pab-Mir-506-P1c7 Pab-Mir-506-P1c8 Pab-Mir-506-P1c9 Pab-Mir-506-P1c10 Pab-Mir-506-P1c11 Pab-Mir-506-P1c12 Pab-Mir-506-P1c13 Pab-Mir-506-P1d Pab-Mir-506-P1e Pab-Mir-506-P2b Pab-Mir-506-P3 Pab-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P5o5 Pab-Mir-506-P5o6 Pab-Mir-506-P5o7 Pab-Mir-506-P5o8 Pab-Mir-506-P6a Pab-Mir-506-P6b Pab-Mir-506-P6c Pab-Mir-506-P6d Pab-Mir-506-P6e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Cja-Mir-506-P1b Hsa-Mir-506-P1b Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P1b Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 153552186-153552245 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1b) |
Mir-506-P3
CM054702.2: 153502614-153502671 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1e CM054702.2: 153515734-153515791 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1d CM054702.2: 153527142-153527202 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c10 CM054702.2: 153532425-153532482 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c9 CM054702.2: 153533312-153533369 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c11 CM054702.2: 153536859-153536916 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c7 CM054702.2: 153537745-153537802 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1b CM054702.2: 153552186-153552245 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1a CM054702.2: 153559159-153559216 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACUCCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCAGGAAUGCUGUGUGUGUGUGGUGUCCUACUCCGGAGAGUGGCAAUCACAUGUUCAAUCAAGUGUGAUUGAAACCUCUAAGAGUGGAAUAACACAUGACAUGUACUACAUAUGCAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCAGGAAUGCUGUGU----| GGUG U C- A GG UGUUC GUGUGU UCC ACUC GGAG GU CAAUCACA A UACACA AGG UGAG UCUC CA GUUAGUGU A UAACGUAUACAUCAUGUACAG^ AUA- - AA - AA GAACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-506-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUCCGGAGAGUGGCAAUCACA -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-506-P1b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGAUUGAAACCUCUAAGAGUGGA -60
Get sequence
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