| MirGeneDB ID | Pab-Mir-506-P5o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-506-P1a Pab-Mir-506-P1b Pab-Mir-506-P1c7 Pab-Mir-506-P1c8 Pab-Mir-506-P1c9 Pab-Mir-506-P1c10 Pab-Mir-506-P1c11 Pab-Mir-506-P1c12 Pab-Mir-506-P1c13 Pab-Mir-506-P1d Pab-Mir-506-P1e Pab-Mir-506-P2b Pab-Mir-506-P3 Pab-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P5o5 Pab-Mir-506-P5o6 Pab-Mir-506-P5o8 Pab-Mir-506-P6a Pab-Mir-506-P6b Pab-Mir-506-P6c Pab-Mir-506-P6d Pab-Mir-506-P6e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-506-P5 Cpo-Mir-506-P5 Laf-Mir-506 Mmr-Mir-506-P5 Ocu-Mir-506-P5 Rno-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. abelii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 153467634-153467691 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P5o7) |
Mir-506-P5o8
CM054702.2: 153458779-153458836 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P5o7 CM054702.2: 153467634-153467691 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P5o6 CM054702.2: 153482115-153482172 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P5o5 CM054702.2: 153491537-153491594 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4 CM054702.2: 153496308-153496364 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b CM054702.2: 153496557-153496614 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 CM054702.2: 153502614-153502671 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1e CM054702.2: 153515734-153515791 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACAUUCAGCCAUUCAGUGUACAGUGCCUUUCACAAGGAGGUGUCAUUUAUGUGAACUAAAAUGUAAAUGUCACCUUUUUGAGAAGAGUAAUGUACAGCAUGCACUGCAUAUGUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCACAUUCAGCCAUUCAG--| G C A U GUGAA UGUACA UGC UUUC CAAGGAGGUG CAUUUAU C ACAUGU AUG GAAG GUUUUUCCAC GUAAAUG U UGGUGUAUACGUCACGUACG^ A A A U UAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-506-P5o7_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCACAAGGAGGUGUCAUUUAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-506-P5o7_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAAAUGUCACCUUUUUGAGAAGA -58
Get sequence
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