| MirGeneDB ID | Mun-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Microcaecilia (Microcaecilia unicolor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mun-Mir-199-P1-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cja-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Ocu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pbv-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Sha-Mir-199-P3-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_901765095.2_aMicUni1.2) |
LR594634.1: 197764292-197764353 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v2) |
Mir-199-P3-v1
LR594634.1: 197764292-197764353 [+]
Mir-199-P3-v2 LR594634.1: 197764292-197764353 [+] Mir-199-P3-v3 LR594634.1: 197764292-197764353 [+] |
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| Variant | Mun-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGCAGGCGACGCCCACCGGCCCCAUCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGUAGCUAGAAGUUGCACAGUAGUCUACACACUGGUUAGGUUGGGCUUGGUACAGCAGCCUCUCCACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGCAGGCGACGCCCA- -| C C UC C U GGUAGC CC GGCCC AUCUG CCAGUGU AGACUAC UGU CA \ GG UCGGG UGGAU GGUCACA UCUGAUG ACA GU U UCACCUCUCCGACGACAU U^ U U CA - C UGAAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mun-Mir-199-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Mun-Mir-199-P3-v2_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CACAGUAGUCUACACACUGGUUA -62
Get sequence
|
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| Variant | Mun-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGCAGGCGACGCCCACCGGCCCCAUCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGUAGCUAGAAGUUGCACAGUAGUCUACACACUGGUUAGGUUGGGCUUGGUACAGCAGCCUCUCCACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGCAGGCGACGCCCA- -| C C UC C U AGGUAGC CC GGCCC AUCUG CCAGUGU AGACUAC UGU C \ GG UCGGG UGGAU GGUCACA UCUGAUG ACA G U UCACCUCUCCGACGACAU U^ U U CA - C UUGAAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mun-Mir-199-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mun-Mir-199-P3-v1_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAGUAGUCUACACACUGGUUA -62
Get sequence
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| Variant | Mun-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGCAGGCGACGCCCACCGGCCCCAUCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGUAGCUAGAAGUUGCACAGUAGUCUACACACUGGUUAGGUUGGGCUUGGUACAGCAGCCUCUCCACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGCAGGCGACGCCCA- -| C C UC C UCAGGUAGC CC GGCCC AUCUG CCAGUGU AGACUAC UGU \ GG UCGGG UGGAU GGUCACA UCUGAUG ACA U UCACCUCUCCGACGACAU U^ U U CA - CGUUGAAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mun-Mir-199-P3-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mun-Mir-199-P3-v3_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGUAGUCUACACACUGGUUA -62
Get sequence
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