| MirGeneDB ID | Loc-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Dno-Mir-489 Eca-Mir-489 Gja-Mir-489 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG11: 37047669-37047729 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v2) |
Mir-489-v2
LG11: 37047669-37047729 [-]
Ensembl
Mir-489-v1 LG11: 37047670-37047728 [-] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUGUAGGCUGAUAUGCGUGGUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUCAAUGUUUGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUUCUACAUGGGACAACAGUACUCUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGUGUAGGCUGAUAUGC--| U C UG C UACUUCA GUGG GG UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU \ CAUC UC AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA A UUUCUCAUGACAACAGGGUA^ U A GU A GGUUUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-489-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -61
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGUAGGCUGAUAUGCGUGGUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUCAAUGUUUGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUUCUACAUGGGACAACAGUACUCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGUGUAGGCUGAUAUGC--| U C UG C ACUUCA GUGG GG UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU \ CAUC UC AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG A UUCUCAUGACAACAGGGUA^ U A GU A GUUUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -59
Get sequence
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