MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Isc-Bantam-P9a

Family name BANTAM (all species)
Species Deer tick (Ixodes scapularis)
MiRBase ID isc-bantam
Paralogues Isc-Bantam-P9b 
Orthologues Aae-Bantam  Aga-Bantam  Agr-Bantam  Bge-Bantam  Bko-Bantam  Bpl-Bantam  Cte-Bantam  Dan-Bantam  Dgr-Bantam  Dlo-Bantam  Dma-Bantam  Dme-Bantam  Dmo-Bantam  Dpu-Bantam  Dsi-Bantam  Dya-Bantam  Eba-Bantam  Esc-Bantam  Gpa-Bantam  Gsa-Bantam  Gsp-Bantam  Hme-Bantam  Hru-Bantam  Lan-Bantam  Lgi-Bantam  Lhy-Bantam  Llo-Bantam  Mgi-Bantam  Mom-Bantam  Nag-Bantam  Npo-Bantam  Ofu-Bantam  Ovu-Bantam  Pau-Bantam  Pcr-Bantam  Ple-Bantam  Pve-Bantam  Sma-Bantam  Sne-Bantam  Snu-Bantam  Tca-Bantam  Tur-Bantam  War-Bantam 
Node of Origin (locus) I. scapularis
Node of Origin (family) Protostomia
Genome context
(GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC)		 NW_024609881.1: 54625045-54625105 [+] Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Bantam-P9a)		 Bantam-P9a NW_024609881.1: 54625045-54625105 [+] Ensembl
Bantam-P9b NW_024609881.1: 54625045-54625105 [+] Ensembl
Seed GAGAUCA
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
CGGCAUCGGCCGAAGAAACGCCAGACAAAACUGGUUUUCACAAUGAUCGUCCAGAUGGACCUGAAGUCUGAGAUCAUUGUGAAAGCUGAUUUUGUUGAUUCAGAGCUUCACGUCCACCACC
Get precursor sequence
Structure
        10        20          30        40        50        60 
CGGCAUCGGCCGAAGAAACGCCA--|      CU                GUC    UGGAC 
                         GACAAAA  GGUUUUCACAAUGAUC   CAGA     \
                         UUGUUUU  UCGAAAGUGUUACUAG   GUCU     C
CCACCACCUGCACUUCGAGACUUAG^      AG                A--    GAAGU 
 .       110       100        90        80          70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
- +
Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Sa Sa To
Star sequence

Isc-Bantam-P9a_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- CUGGUUUUCACAAUGAUCGUCCAGA -25
Get sequence
Mature sequence

Isc-Bantam-P9a_3p
mirBase accessionMIMAT0012679
Sequence 
38- UGAGAUCAUUGUGAAAGCUGAUU -61
Get sequence