| MirGeneDB ID | Hsa-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hsa-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hsa-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Dno-Mir-489 Eca-Mir-489 Gja-Mir-489 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (hg38) |
chr7: 93483946-93484007 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v2) |
Mir-653
chr7: 93482784-93482840 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v2 chr7: 93483946-93484007 [-] UCSC Ensembl Mir-489-v1 chr7: 93483947-93484006 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Hsa-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGACUACUGCUGUUGGUGGCAGCUUGGUGGUCGUAUGUGUGACGCCAUUUACUUGAACCUUUAGGAGUGACAUCACAUAUACGGCAGCUAAACUGCUACAUGGGACAACAAUUAAGAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGACUACUGCUGUUG--| C G CGC UACUUGA GUGGCAG UUGGU GUCGUAUGUGUGA CAUU A CAUCGUC AAUCG CGGCAUAUACACU GUGA C UGAGAAUUAACAACAGGGUA^ A A ACA GGAUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hsa-Mir-489-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUGUGACGCCAUU -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-miR-489-5p miRDB: MIMAT0026605 |
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| Mature sequence | Hsa-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCACAUAUACGGCAGCU -62
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002805 TargetScanVert: hsa-miR-489-3p miRDB: MIMAT0002805 |
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| Variant | Hsa-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGACUACUGCUGUUGGUGGCAGCUUGGUGGUCGUAUGUGUGACGCCAUUUACUUGAACCUUUAGGAGUGACAUCACAUAUACGGCAGCUAAACUGCUACAUGGGACAACAAUUAAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGACUACUGCUGUUG--| C G CGC ACUUGA GUGGCAG UUGGU GUCGUAUGUGUGA CAUUU A CAUCGUC AAUCG CGGCAUAUACACU GUGAG C GAGAAUUAACAACAGGGUA^ A A ACA GAUUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hsa-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUGUGACGCCAUUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-miR-489-5p miRDB: MIMAT0026605 |
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| Mature sequence | Hsa-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCACAUAUACGGCAGC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002805 TargetScanVert: hsa-miR-489-3p miRDB: MIMAT0002805 |
